蛋白酶K在DNA提取中起着至关重要的作用，主要通过降解蛋白质来帮助释放和纯化DNA，确保提取的DNA具有高产量和高完整性。
具体作用机制包括以下几个方面：
裂解细胞结构
蛋白酶K能够水解细胞膜和核膜中的蛋白质成分，破坏细胞完整性，从而释放细胞核内的DNA。对于富含结缔组织的样本（如肝脏、肌肉），通常使用0.1–0.5 mg/ml浓度的蛋白酶K在37℃下消化1–3小时效果更佳。
灭活核酸酶
样本中可能含有DNase等核酸酶，会降解目标DNA。蛋白酶K在56℃时活性最强，能有效降解这些酶类，防止DNA被破坏。实验中常将其与样本在pH 8.0的Tris-HCl缓冲液中孵育，并配合1% SDS使用以增强效果。
解除DNA-蛋白复合物
染色体DNA通常与组蛋白紧密结合形成核小体结构。蛋白酶K可切断这些连接蛋白，使DNA游离出来，便于后续纯化。对于福尔马林固定或石蜡包埋的组织样本，建议提高蛋白酶K浓度至500 μg/ml，并延长消化时间至24小时以保证充分解离。
兼容性强，适用多种样本类型
蛋白酶K在较宽的pH范围（4–12.5）和高温（50–70℃）下均保持稳定活性，且在SDS、尿素等变性剂存在时仍能发挥作用，因此广泛适用于血液、组织、微生物及固定样本等多种来源的DNA提取。
需要注意的是，蛋白酶K的使用需控制好浓度和反应时间。过高的浓度或过长的孵育时间可能导致DNA结构受损或降解，影响提取质量。同时，不适宜的温度（低于37℃活性降低，高于65℃则失活）也会影响实验效果。
