预染蛋白Marker是纯化好的一些蛋白，通过与染料共价耦联后混合在一起，在电泳过程中或者转膜时可以直接观察到。预染蛋白Marker的出现方便了我们的实验，这种蛋白分子量标准可以帮助我们在电泳时、电泳后，以及转膜后监测电泳情况和估计迁移率——比如，已知垂直电泳最佳分辨区域大约在胶的2/3处，如果使用预染Marker就可以预测目标蛋白进入最佳分辨区时停止电泳以得到最佳分辨效果；如果观察到Marker电泳异常也可以及时终止电泳；另外在Western Blot转膜以后可以直接观察蛋白转膜是否完全，还可以在膜上标记蛋白分子量，所以吸引了许多实验室人员购买预染蛋白标准。值得注意的是，预染蛋白Marker与染料共价耦联，所以在不同的缓冲条件下电泳时迁移特性可能会发生某些变化，可能导致一些偏差，所以不太适合精确定位蛋白——不过多数情况下Marker的条带未必能和我们的目标蛋白完全一样，我们得到的也不过是一种相对Marker指示的参考大小，最后都需要Western来定性，所以如果不是要区分大小相近的条带，预染Marker还是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白标准一起使用。
蛋白Marker定义和用途
蛋白Marker即蛋白分子量标准，是一些已知分子量的蛋白质的混合物，像“尺子”一样用来指示蛋白质条带的大小。在Western Blot过程中，分子量Marker就像个螺丝钉一样虽然是其中小小的一环，然而就是这样一个小细节对实验结果有着不可忽视的作用。Marker的作用主要是用来指示蛋白条带所对应的分子量大小，只有标准量精确无误了，实验结果才有说服力，除此之外，蛋白Marker还有显示转膜是否成功、以及蛋白在凝胶上的电泳程度等作用，因此选择正确的蛋白Marker也是Western Blot实验成功的必要条件之一。
预染蛋白Marker的分类
预染蛋白Marker又分单色预染和多色预染，单色预染蛋白Marker通常会利用其中某些条带加倍浓度加深某些条带的粗细，来提示其大小的，方便我们快速记忆和区分各个条带的大小。而彩色蛋白Marker则用不同的颜色来区别，更加好辨认。
