S1 核酸酶可降解单链核酸，释放 5'-磷酰基单核苷酸或寡核苷酸。其在 DNA 上的活性是在 RNA 上的五倍。S1 核酸酶还可在由缺口、裂隙、错配或环造成的单链区域切割 dsDNA。S1核酸酶表现 3'-磷酸单酯酶活性。
该酶是一种糖蛋白，碳水化合物含量为 18%。应用：• 去除 DNA 片段的单链突出端• S1 转录本定位• 发夹环切割• 与 Exonuclease III 协同，在 DNA 片段中创造单向缺失
